Оригинальная растительность на Сокотре была изменена из-за постоянной вырубки деревьев и кустарников людьми в течение последних нескольких сотен лет. Однако недавние обзоры указывают на то, что флора Сокотры находится все еще в весьма хорошем состоянии. Также стоит отметить, что в некоторой степени также осуществляется культивирование местных разновидностей растений. Главный вид использования земли на острове – сельскохозяйственные угодья. Среда обитания на Сокотре фрагментирована, и только небольшие области естественной растительности сохранились полностью нетронутыми людьми.

На острове не существует ни одной юридически защищенной области, хотя есть много областей в горной местности, которые являются частной собственностью, и где занимаются разведением местных разновидностей растений. Они обеспечивают своего рода убежища для эндемичных разновидностей флоры Сокотры. Изоляция острова также помогла «обуздать» деградацию и сохранить естественные среды обитания. С апреля до октября сильные муссоны предотвращают подход любых самолетов или судов. Однако все естественные среды обитания и многие местные разновидности растений на Сокотре были в значительной степени фрагментированы более чем тысячелетними антропогенными действиями.

Некоторые популяции местных животных и разновидностей растений являются в настоящее время чрезвычайно маленькими и занимают только отдаленные небольшие части острова. Более плотно населенные прибрежные равнины в этом отношении имеют плохую репутацию, особенно по сравнению с горами и внутренними равнинами. Мангровое дерево Avicennia marina было почти уничтожено и в последнее время были найдены небольшие посадки этих деревьев только на отдаленных западных берегах Сокотры. Дополнительно, муссонные дожди могут вызвать серьезное повреждение почвы эрозией.