Сокотра является небольшим осколком Гондваны, как Мадагаскар и Индостан. В основании острова находится древний кристаллический гранитный фундамент. Такой же фундамент имеют и расположенные неподалёку районы Восточной Африки. Остров Сокотра отличается гористостью. Основная его территория занята приподнятыми плато и горными пиками. Но в некоторых местах на побережье встречаются неширокие равнины. В самом центре острова Сокотра располагается самый высокий горный массив, который называется Хагьер.Его вершины возвышаются на 1 500 метров над уровнем моря. Гористы также и все остальные острова, которые относятся к данной группе. Самая высокая точка острова Сокотра это Абд-эль Кури. Её высота составляет 743 метра.

Климатические условия острова Сокотра в большей степени напоминает климат ближайших районов Южной Аравии. Осадки на Сокотре выпадают в основном в летние месяцы. Как правило, южный муссон приносит сюда ливневые дожди. Однако нижним частям гор и равнинам их недостаточно. Горы Хагьер увлажняются хорошо. Они практически всё время находятся в облаках, поэтому тут часто идут моросящие дожди. Из-за того, что на острове господствуют сильные ветра, он практически всё время отрезан от внешнего мира.