Архипелаг образован примерно 1,4 млн. лет тому. Тогда же берет начало и олдувайская культура на Сокотре. Так, в 2008 участник комплексной экспедиции Жуков обнаружил в Хадибо каменные орудия культуры.

Еще три тыс. до нашей эпохи начато морское судоходство вдоль Аравии, Северо-Востока Африки. Уже I тыс. до нашей эпохи Сокотра под властью Хадрамаута. Исследователи полагают, что в тот период имела место Йеменская морская региональная держава, доминировавшая в Аравии и Африканском Роге.

330 г. до современности. По совету Аристотеля Александр Македонский, посылает греков-земляков для захвата Сокотры, обеспечения доступа к алоэ. Греки вытеснили с острова индусов и назвали остров Диоскорида в ассоциации с прошлым названием.

Позже Диодор Сицилийский напишет: «Сокотра – главным поставщик ладана и мирры. Это начальная точка Аравийской „дороги из благовоний“: отсюда и поступают драгоценные смолы и ценные товары в Аден и Кану».

Автор «Перипла моря Эритрейского» говорит о сокотрийцах в труде: они в основном селятся в северной части острова. Здесь смешанное население: аравийцы, индийцы и греки. Остров подвластен Хадрамаутам.

Еще позже Св. Фома потерпит кораблекрушение у Сокотры. Он и обращает греков к христианству, строит христианскую церковь с обломков корабля.