Только семь разновидностей наземных млекопитающих обитает на острове, большинство из которых были введены, хотя летучая мышь Rhinopoma и землеройка Suncus являются, возможно, эндемиками на Сокотре. Из 178 известных разновидностей птиц, 6 являются эндемиками: Cisticola haesitatus, певчая птица Сокотры (Cisticola incanus), Emberiza socotrana, нектарница Сокотры (Nectarinia balfouri), скворец Сокотры (Onychognathus frater), и воробей Сокотры (Passer insularis). По крайней мере, 30 разновидностей, как известно, размножаются на Сокотре, включая существенную популяцию египетских стервятников (Neophron percnopterus). Две из шести местных разновидностей птиц, Cisticola haesitatus и Emberiza socotrana классифицируются как Уязвимые разновидности в списке IUCN. Приблизительно 10-11 местных подразновидностей были идентифицированы учеными, некоторые из которых могут гарантировать полный статус разновидностей. В то время как жадина Сокотры (Phalacrocorax nigrogularis) распределена по всему Ближнему Востоку, внесена в список Уязвимых разновидностей IUCN.

Среди наземных рептилий 21 из 24 известных разновидностей в настоящее время являются местными, и три остающихся разновидности были наиболее вероятно введены. Среди рептилий, обитающих на острове, стоит отметить Pachycalamus brevis, который, как полагают ученые, является пережитком древней и когда-то широко распространенной афро-аравийской герпетофауны.

На острове отсутствуют амфибии, несмотря на наличие водоемов и засушливого климата, подобного тому, которые есть на соседних африканском и аравийском материках. Возможно, что серьезная засуха в прошлом уничтожила всех амфибий, которые, возможно, колонизировали остров тысячи лет назад.