Главные угрозы биологической вариативности островного архипелага – чрезмерная вырубка лесов из-за потребности местного населения в древесине для строительства и топлива около главных поселений; незапланированное инфраструктурное развитие, особенно в прибрежной зоне; расширяющаяся популяция коз, и в меньшей степени рогатого скота, которая может увеличиться до такой степени, что естественная растительность может быть значительно повреждена.

Для сохранения биологической вариативности на Сокотре необходимо уравновесить развитие формальной системы защищенных областей, гарантируя, что традиционные системы управления будут соблюдаться. Небольшие колонии местных разновидностей птиц и местных растений могут быть сохранены только при условии введения системы защищенных зон. Это особенно необходимо для некоторых из морских птиц, количество которых было сокращено крысами и другими введенными хищниками.

Как биогеографическое расширение Африканского Рога, архипелаг Сокотра является, бесспорно, уникальной островной экосистемой, которая характеризуется интересными растениями, высоким уровнем растительного эндемизма (28-32 %) и в разновидностях и на родовых уровнях, и является также важной областью для местных птиц и рептилий.