В животном мире Сокотры много эндемиков. На Сокотрийских островах есть большое число зачастую невиданных до этого животных. Это можно объяснить длительной их изоляцией. Интересно, что 90 процентов из тридцати видов рептилий наземных проживают именно здесь. Легенды и рассказы древних путешественников говорят об этом острове, что он когда-то был излюбленным местом обитания большого количества крокодилов и черепах. Но сегодня нет на нём ни одного представителя данных рептилий. Не встретишь также ни одной огромной ящерицы-дракона или же морской игуаны, что подобны обитающим на островах Комодо или Галапагоссах. Две трети эндемиков-рептилий – это гекконы. Три из пяти известных эндемических неядовитых видов змей этого архипелага живут под землей. У них отсутствует зрение, и по внешнему виду они напоминают червяка. Есть и ещё одна интригующая загадка для натуралистов и учёных: малочисленные популяции местных млекопитающих. Вся история существования острова говорит, что никто не видел на нём млекопитающих, исключая летучих насекомоядных мышей и землероек. Всех живущих сейчас наземных млекопитающих: коз, овец, коров, верблюдов и ослов, как и диких циветт, домашних кошек, крыс и мышей – завезли намного позже. Малоизвестная наблюдателям наземная улитка постоянно удивляет ученых способностью адаптироваться и видообразовываться. Так, чтобы снизить потерю воды в жаркое время, представителями Achatinelloides создаются огромные неподвижные скопления на древесных стволах. Расползаются животные за пищей лишь в период влажных или холодных сезонов.
Интересно также, что на каждом острове есть свой уникальный набор наземных моллюсков. Достаточно неожиданно видеть наземных больших крабов на высоких известняковых плато, где они живут. Феномен острова Сокотра до сих пор не изучен.