Эта разновидность довольно громкая. В течение года сокотранский баклан обитает в больших стаях, и птиц можно услышать за несколько километров от места нахождения стаи. Некоторые сезонные миграции, как считают ученые, происходят, вероятно, в пределах Персидского залива и Аравийского моря. Однако трудно отделить сезонные миграции из-за рассредоточения, и есть немного информации относительно образцов миграций.

Среда обитания этой разновидности является исключительно морской. Сокотранский баклан размножается на оффшорных островах и островках, у которых есть песчаные или гравийные берега. Рацион питания состоит преимущественно из маленькой морской рыбы, за которой птица ныряет, резко снижаясь с высоты. Они могут питаться сардиной (sardinella), ставридой (Selar crumenophthalmus и Atule), Atherinomorphus lacunosus, Hemiramphus и Siganus javus. Поиск пищи происходит на значительном расстоянии от берега в больших группах, и, как считают ученые, добыча является общей для всех представителей группы.

Гнездовья птиц расположены на гравийных или песчаных берегах, или на склонах небольших холмов, лишенных растительности. Гнезда состоят из углублений в почве, или в маленьких насыпях, и расположены близко к гнездовьям других птиц в колониях, которые могут включать от 50 до десятков тысяч пар.